ניצני הגנה יהודית פוגרומים בחסות הממשלה ב-1894 עלה לשלטון ברוסיה הצאר ניקולאי השני, שהכביד עוד יותר את ידו על היהודים. הוא נהג לומר, שליהודים אסור כל מה שלא מותר להם במפורש. בשנים האחרונות של המאה ה-19 כשנתעוררה מחדש התנועה המהפכנית ברוסיה, נמצאו בה גם צעירים יהודים, שלא השלימו עם הדיכוי של הצארים העריצים. במגמה להסיח את דעת הקהל מרעיונות המהפכה ומהמצב הפוליטי והכלכלי, יזמו השלטונות שוב פוגרומים נגד היהודים. הם ביקשו להציג את המהפכה כעניין יהודי, הנעשה למורת רוחו של העם הרוסי. הפרעות מצאו את הציבור היהודי חשוף ולא מוגן. גילויים ספונטניים בודדים של עמידה על הנפש דוכאו בו במקום על-ידי השחטונות. עגלונים, סבלים, פקידים וסטודנטים שניסו לארגן הגנה עצמאית בנשק חם נאסרו על ידי המשטרה.
פוגרום קישינב פרעות קישינב פרצו בפסח תרמ"ג 1903 אז זו היתה עיר בחבל בסרביה שסופח לאימפריה רוסית ב 1812 היום זו בירתה של רפובליקת מולדובה. לפוגרום קדמה תעמולה אנטישמית פרועה. היהודים הואשמו ברצח נער נוצרי ובעיר הופצו כרוזים שבהם נכתב, כי הצאר מתיר לעשות שפטים ביהודים. הפוגרום החל בניפוץ שמשות והתפתח להתקפה כללית על דירות היהודים וחנויותיהם. לפנות ערב החלו גם מעשי הרצח. הפורעים השליכו ילדים מן הקומות העליונות. עקרו עיניים של יהודים ותקעו מסמרים בראשי קרבנותיהם. המשטרה לא התערבה במעשי הפורעים במשך יומיים. ביום השלישי הגיעה הפקודה להפסיק את הפוגרום, והחיים שבו לשגרתם. בסך הכול נרצחו בפרעות 45 יהודים, כ-600 נפצעו, וכ-1,500 בתים וחנויות נבזזו. הפוגרום האכזרי זיעזע את דעת הקהל של החוגים המתקדמים ברוסיה ובעולם כולו. הפוגרום האכזרי זעזע את היהודים ובעקבותיו כתב חיים נחמן ביאליק את הפואמה"בעיר ההרגה" וכן את שירו המפורסם "על השחיטה".
מפנה בתגובת היהודים הפוגרום בקישינב חולל מפנה בקרב יהודי רוסיה. המאורעות בקישינב היו מהלומה נוראה ומדכאת לציבור היהודי היו כאלה ששקעו ביאוש והיו שביקשו לבדוק שנית את השקפותיהם. יש שרואים את הפרעות בקישינב כנקודת מפנה בהתפתחות התנועה הציונית. בהקשר זה מוזכרות כמה תופעות: אחרי קישינב, הפכה הציונות לתנועה פוליטית, המבקשת לעזור ליהודים בכלל, ולקהילות היהודיות בפרט. הפעילות של חבריה כוונה למען מטרות אלה והיא אף קיבלה את הכינוי "עבודת ההווה". התנועה הציונית החלה לגדול שוב אחרי מספר שנים של דריכה במקום ונסיגה, ומספר חבריה הגיע לשיא בקיץ 1903, ערב הקונגרס הציוני הששי. התנועה הציונית זנחה את האידיאולוגיה המדינית, או את הדיפלומטיה ההרצלינית לטובת האידיאולוגיה המעשית. הוקמו יחידות הגנה עצמית. הפוגרום בקישינב שימש נקודת מפנה בנושא ההתגוננות היהודית. הוא נתן דחיפה ממשית להנחת יסודות לארגון הגנה עצמית. בעקבות הטבח קמו צעירים בעיירות ובערים ברחבי רוסיה, ובעיקר ב"תחום המושב", וקראו לגיבוש כח מגן. על רקע המבוכה שהשתררה, קמו מנהיגי מפלגות, עיתונאים וראשי קהילות, אשר העלו את הקריאה להגנה עצמית ככורח השעה. ציבור זה גיבש תודעה שנחשבה בעיניו כלגיטימית, שבהתנגדות לפורעים יש לראות גם קריאת תגר כנגד מדיניות השלטון שדיכאה והפלתה את יהדות הרוסית. הקריאה הציבורית הנוקבת והנמרצת להגנה עצמית באותם הימים, ראתה אור בכרוז באפריל 1903 החתום בידי אגודת סופרים עבריים. יוזמי הכרוז ומוציאיו היו הסופרים אחד העם, ביאליק, רבניצקי, בן-עמי ושמעון דובנוב: "פרעות ההמון הוא תולדה מוכרחת לפוליטיקה הצוררת של הממשלה, ועל הציבור היהודי לסדר הגנה עצמית. כל זאת כדי שיראו שונאינו שאין אנו כצאן לטבח. וכי רק היודע להגן על כבודו מכובד גם בעיני אחרים". כלומר בעצם הכרוז הזה משמש כנקודת מוצא לגיבוש התודעה של ההגנה העצמית ברמה האידאית בתקופה האמורה: מאמר שהתפרסם בעיתון הבונד, "ארבייטער שטימע" הסתיים במילים האלה: "כאשר מתנפלים עלינו… יהיה זה פשע מצדנו אם נקבל זאת ללא התנגדות.במקרים כאלה עלינו לצאת החוצה עם הנשק ביד, להתארגן ולהילחם עד טיפת הדם האחרונה. רק כשיתגלה כוח מצדנו נכריח את כולם להתייחס אלינו בכבוד". פרעות קישינב הוכיחו שוב כי אין פתרון לבעיית היהודים אלא בטריטוריה יהודית, בחירות ובעצמאות מדינית. היהודים למדו כי אין על מי שלהישען וכי נגד מעשי רצח אפשר להתגונן רק בנשק.
פוגרום הומל פוגרום הומל שפרץ בספטמבר 1903, כחצי שנה לאחר פוגרום קישינב, סימל את הדרך החדשה של עמידה על הנפש ועל כבוד העם היהודי. היהודים הוזהרו מראש כי ב-1 בספטמבר צפויה התפרצות. הפרעות נמשכו שלושה ימים. הפורעים באומל נמנו בעיקר עם פועלי מסילת הברזל, אליהם הצטרף האספסוף. מעודדים מפעילות הסתה של הכמרים המקומיים נעו הפורעים לעבר שכונות היהודים. בהומל התארגנה הגנה עצמית יהודית ביוזמת הבונד ופועלי ציון. כאשר התקרבו אל העיר פורעים, הם נתקלו באנשי ההגנה היהודית, שהשיבו מלחמה שערה. בראש פלוגת פועלי ציון עמד יחזקאל חנקין. ההגנה היהודית הדפה את הפורעים, ובעקבות זאת פיזרה המשטרה את האספסוף והביאה לסיום הפרעות בעיר. הומל היתה למעשה ביטוי ראשון במבחן דמים של תנועת ההגנה שצמחה ברחוב היהודי. ההתארגנות קבוצות המגן ברחוב נעשתה בניגוד לאיסור השלטונות שראו בהגנה העצמית כמעשה בלתי נסבל. למרות זאת בפעם הראשונה, ניצבו בצורה מאורגנת כוחות הגנה עצמית. בפרעות הומל היו ליהודים רק ארבעה הרוגים אף כי שוטרים מקומיים וחיילים ירו במגינים או דקרום בנשק קר. חרף משפט מבויים שנערך כנגד אחדים מן המגינים, לא נפלה רוחו של הנוער היהודי. בעקבות הומל, קמו ברחבי רוסיה ובעיקר בתחום המושב, אגודות להגנה עצמית. התעוררה רוח חדשה. יהודים רבים, בעיקר סוציאליסטים, לא היו מכאן ואילך מוכנים עוד להבליג מול הפוגרום. התגובה הטקטית של פלוגות הקרב בהומל ביטאה מעורבות ויוזמה מקומית. הדברים באו לידי ביטוי בעיקר בתקופה של מלחמת רוסיה-יפן (1904-1905). בתקופת מלחמת יפן-רוסיה, נמשכו פרעות בעיירות ובחלקים רחבים ברוסיה, בהם התגוררה אוכלוסיה יהודית. כך למשל בקישינב, בינואר 1904, פרצו פרעות נוספות. במהלך הפרעות הללו, נהרגו מאות יהודים, אלפים נפצעו ונגרם נזק של מיליוני רובלים לכלכלה היהודית. חלק מהפורעים באו מקרב מגוייסי המלחמה שניצלו את הנסיבות המלחמתיות ואת היחס המעודד של השלטון, שהעדיף ש"מגיני המולדת" ישפכו זעמם על היהודים במקום על השלטונות. גם רצח פלבה ביולי 1904 לא שינה מדיניות זו, והשלטון הרוסי לא נקט בשום צעד ממשי להפסקת הפרעות. ביטוי יוצא דופן לעמידת הגבורה היה של מגיני ז'יטומיר בפלך וולין במאי (על פי הלוח החדש) 1905 בימי חג הפסחא. המהומות היו מתוכננות ומאורגנות על-ידי השלטון המקומי כחלק מהמאבק בתנועה המהפכנית. על רקע הפאסיביות של המשטרה המקומית, הופיעו בעיר צוותי קרב של "המאות השחורות" שהשתוללו במשך ארבעה ימים כאשר הם שודדים, רוצחים ופוצעים. ההגנה העצמית היהודית, גילתה גבורה ולחמה בהקרבה. בעיקר באותן גזרות לחימה שהצבא והמשטרה לא היו מעורבים. בקרבות הקשים נהרגו עשרים ושלושה לוחמים, בינהם הסטודנט הרוסי ניקולאי בלינוב שהוכה למוות על ידי ההמון, עת ניהל משא ומתן בין המשטרה לבין המגינים היהודים. עמידת הגבורה של המגינים בז'יטומיר זקפה את קומתם של היהודים, אף כי לא היה בה בכל המקרים להציל את חייהם ורכושם, ובעיקר, ופה הדגש בעיקר, לנוכח אותם מקומות כאשר השלטונות מתייצבים לצד אנשי הפוגרום. את כוח העמידה של ז'יטומיר על פני המקומות האחרים הבליט כרוז יוצא דופן בחריפותו ובמינוח שלו אשר הבליט את העמידה הגאה של היהודי, תוך השוואה ליהודי שנשחט בקישינב: "שוב פוגרום! אך בכל זאת לא קישינב. לא כעכברים במרתפים מתו הם, לא כתרנגולות ערפו את ראשיהם. לא! בחוצות עם נשק ביד נפלו גיבורי ז'יטומיר. לא בזול וויתרו על נפשם. קישינב וז'יטומיר, כמה דומים שני הפוגרומים הללו, וכמה שונים זה מזה. אך בכל זאת המרחק רב ביניהם. ואתם, אחים, שנשארתם בחיים, השתדלו להיות ראויים להשתייך לאומתכם אליה שייכים הגיבורים הנעלים של ז'יטומיר". עמידת הגבורה, היתה גולת הכותרת של ההגנה העצמית.
הפוגרום באודסה באוקטובר 1905 לאחר ניסיון הפיכה כושל פקד גל נוסף של פרעות במאות יישובים יהודיים ברוסיה. גל פרעות המהפכה, נמשך כשבועיים על פני כ-660 ישובים, עיירות וכפרים. במהלך כשבע מאות פוגרומים נהרגו למעלה משמונה מאות יהודים, נפצעו כ-1800, וכמאתיים אלף יהודים הפכו לפליטים. רכוש יהודי רב נבזז. מעורבותו של השלטון בפוגרומים הבליט את חוסר היכולת של ההגנה העצמית היהודית להתיצב מול פורעים מאורגנים או מגובים בכח השלטון. באודסה, שהיתה הגדולה בקהילות דרום-רוסיה ובה חיו באותה העת כמאה וששים אלף יהודים, השתולל הפוגרום במשך ארבעה ימים ולילות בתמיכת הממשל ובמעורבות כוחות צבא ומשטרה. ייחודה של אודסה היה בהתארגנות של כאלפיים איש בפלוגות קרב שהתבססו על מבני התגוננות חשאיים, בדרך כלל במסגרות של עשרה לוחמים במסגרת. זאב ז'בוטינסקי העיד שיוזמת ההגנה בעיר קרמה עור וגידים באוירת האנטישמיות עוד לפני פרעות קישינב, על פי עדות אחד ממארגני אנשי המגן בעיר, מטרת הארגונים היתה לא רק להקים יחידות לוחמות לשם מאבק בפורעים, אלא בעיקר ואני מצטט: "לנטוע הרגשה חדשה בהכרתם של היהודים, ובעיקר, לממש את היסוד של מלחמה פעילה נגד הצורר המקומי". ובעצם הוא מבטא זאת כך: "רצינו לעקור את הפסיכולוגיה הישנה והרקובה של הגטו ? אסור להרגיז את הגויים". ז'בוטינסקי הצעיר נטל חלק פעיל בעבודת הארגון ובעיקר סייע בגיוס בעלי ממון שבעזרתם השיגה האגודה מימון לרכישת נשק ואמצעי לחימה. בקרבות בעיר נפלו 55 יהודים ו-15 לא-יהודים, רובם סטודנטים, אנשי האס.אר. שהצטרפו למגינים. רובן נפלו בפעולות קרב כאשר נשקם עימם ולא כאשר הם חשופים וחדלי אונים מול המון מסתער. הביטוי של אודסה כמימד של קרב הוא בעצם אחד המקומות האחרונים להשפעה טקטית על ביטויה של ההגנה העצמית. במציאות של סביבה חסרת תודעה של התגוננות עצמית, קמו צעירים סוציאליסטים שהעדיפו למות בגבורה ולא כקרבן שנטבח על ידי גלי הפוגרום.
בעקבות הפוגרומים ברוסיה, היגרו 153 אלף יהודים לארצות-הברית. הטורקים הגבילו את כניסת היהודים לארץ ישראל.